当院の特徴は総合周産期センターという県内随一の新生児集中治療室があるため小さな赤ちゃんや病気を持った赤ちゃんが集まり、消化管閉鎖症や腹壁異常など県内で最も多くの新生児の外科手術を行っており、今後さらに増加が見込まれています。
さらに岐阜県では小児泌尿器科医はいませんが当院では小児腎臓内科とも連携をして小児腎・泌尿器疾患にも対応しています。（しかし診断はしても専門的な手術に関しては小児泌尿器専門病院にお願いすることもあります）
また4ヶ月健診などで指摘されることの多い脱腸（鼠径ヘルニア）、でべそ（臍ヘルニア）、精系水瘤、停留精巣という4つの小児の日常的疾患にも力を入れており、当院の手術数の半数以上を占めています。これらの手術については当院では2泊3日の入院で手術を行っています。